單細(xì)胞測序應(yīng)用及研究實(shí)例
最近幾年,關(guān)于單細(xì)胞測序的報(bào)道日益增多,越來越多與單細(xì)胞測序有關(guān)的研究也發(fā)表在頂級期刊上,這些都表明,單細(xì)胞測序已逐漸成為科研熱點(diǎn)。作為“在單個(gè)細(xì)胞水平上對基因組進(jìn)行測序”的單細(xì)胞測序技術(shù)能夠解決上述難題。與傳統(tǒng)的全基因組測序相比,單細(xì)胞測序不僅測量基因表達(dá)水平更加精確,而且還能檢測到微量的基因表達(dá)子或罕見非編碼RNA,其優(yōu)勢是全方位和多層次的。
單細(xì)胞測序應(yīng)用實(shí)例
單細(xì)胞測序技術(shù)應(yīng)用于癌癥無創(chuàng)診斷
北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院生物動態(tài)光學(xué)成像中心白凡研究員和謝曉亮教授團(tuán)隊(duì)與北京大學(xué)腫瘤醫(yī)院的王潔教授團(tuán)隊(duì)合作共同在《PNAS》上發(fā)表文章,對于癌癥病人單個(gè)外周血循環(huán)腫瘤細(xì)胞(CTC)的全基因組、外顯子組進(jìn)行了高通量測序,發(fā)現(xiàn)在某一類肺癌患者的所有循環(huán)腫瘤細(xì)胞中存在著一種特定的基因拷貝數(shù)變異(CNV)模式,而不同癌種CTC細(xì)胞的基因組拷貝數(shù)變異模式不同,為癌癥的早期診斷提供了全新的契機(jī)。這也是國際上首次實(shí)現(xiàn)對外周血循環(huán)腫瘤細(xì)胞基因組的高通量測序,標(biāo)志著利用循環(huán)腫瘤細(xì)胞基因組測序信息進(jìn)行腫瘤無創(chuàng)診斷時(shí)代的到來。
單細(xì)胞檢測技術(shù)在生殖領(lǐng)域的應(yīng)用
2014年9月19日,世界首例經(jīng)MALBAC(multiple annealing and looping-based amplification cycles,是目前最先進(jìn)的單細(xì)胞全基因組擴(kuò)增技術(shù))基因組擴(kuò)增高通量測序進(jìn)行單基因遺傳病和染色體異常同時(shí)篩查的試管嬰兒在北京大學(xué)第三醫(yī)院誕生,這標(biāo)志著我國胚胎植入前遺傳診斷(PGD)技術(shù)已處于世界領(lǐng)先水平。
2015年12月10日,解放軍總醫(yī)院誕生了一對特殊的雙胞胎—國內(nèi)首例應(yīng)用單細(xì)胞擴(kuò)增技術(shù)(MALBAC)同時(shí)進(jìn)行PGD/PGS阻斷了遺傳性耳聾的健康雙胞胎。
單細(xì)胞測序的技術(shù)有哪些
1、MALBAC:多重退火和成環(huán)循環(huán)擴(kuò)增技術(shù)(Multiple Annealing and Looping-Based Amplification Cycles)
由哈佛大學(xué)終身教授、美國科學(xué)院院士謝曉亮教授研發(fā)的多重退火和成環(huán)循環(huán)擴(kuò)增技術(shù),降低PCR擴(kuò)增偏倚,使得單細(xì)胞中93%的基因組能夠被測序。這種方法使得檢測單細(xì)胞中較小的DNA序列變異變得更容易,因此能夠發(fā)現(xiàn)個(gè)別細(xì)胞之間的遺傳差異。這樣的差異可以幫助解釋癌癥惡化的機(jī)制,生殖細(xì)胞形成機(jī)制,甚至是個(gè)別神經(jīng)元的差異機(jī)制。
技術(shù)論文:Genome-Wide Detection of Single-Nucleotide and Copy-Number Variations of a Single Human Cell
2、基于芯片實(shí)驗(yàn)室技術(shù)的單細(xì)胞測序
由斯坦福大學(xué)Stephen Quake研發(fā)的基于芯片實(shí)驗(yàn)室技術(shù)的單細(xì)胞測序,是基于“l(fā)ab on a chip”微流控芯片實(shí)驗(yàn)室開發(fā),本技術(shù)設(shè)計(jì)了一種路線,用液體載運(yùn)細(xì)胞通過一連串顯微管道和微閥門,當(dāng)細(xì)胞挨個(gè)進(jìn)入各自的小空位時(shí),它們的DNA就會被提取出來,經(jīng)過復(fù)制用于進(jìn)一步分析。此外,本技術(shù)不僅能分離細(xì)胞,還能用化學(xué)試劑將細(xì)胞混合起來,通過檢測反應(yīng)過程中的熒光發(fā)射獲得它們的基因編碼。所有這些都能在芯片上完成,不僅操作簡單,而且成本效益高。Stephen Quake已利用此技術(shù)完成了第一例人類單細(xì)胞測序,現(xiàn)在他正利用這項(xiàng)技術(shù)研究精子細(xì)胞中的重組并分析突變率。
技術(shù)論文:Genome-wide Single-Cell Analysis of Recombination Activity and De Novo Mutation Rates in Human Sperm
標(biāo)簽:   芯片實(shí)驗(yàn)室