1. 串聯(lián)質(zhì)譜

兩個或更多的質(zhì)譜連接在一起，稱為串聯(lián)質(zhì)譜。最簡單的串聯(lián)質(zhì)譜（MS/MS）由兩個質(zhì)譜串聯(lián)而成，其中第一個質(zhì)量分析器（MS1）將離子預(yù)分離或加能量修飾，由第二級質(zhì)量分析器（MS2）分析結(jié)果。最常見的串聯(lián)質(zhì)譜為三級四極桿串聯(lián)質(zhì)譜。第一級和第三級四極桿分析器分別為MS1和MS2，第二級四極桿分析器所起作用是將從MS1得到的各個峰進(jìn)行轟擊，實現(xiàn)母離子碎裂后進(jìn)入MS2再行分析?，F(xiàn)在出現(xiàn)了多種質(zhì)量分析器組成的串聯(lián)質(zhì)譜，如四極桿-飛行時間串聯(lián)質(zhì)譜（Q-TOF）和飛行時間－飛行時間（TOF-TOF）串聯(lián)質(zhì)譜等，大大擴(kuò)展了應(yīng)用范圍。離子阱和傅里葉變換分析器可在不同時間順序?qū)崿F(xiàn)時間序列多級質(zhì)譜掃描功能。

MS/MS最基本的功能包括能說明MS1中的母離子和MS2中的子離子間的聯(lián)系。根據(jù)MS1和MS2的掃描模式，如子離子掃描、母離子掃描和中性碎片丟失掃描，可以查明不同質(zhì)量數(shù)離子間的關(guān)系。母離子的碎裂可以通過以下方式實現(xiàn)：碰撞誘導(dǎo)解離，表面誘導(dǎo)解離和激光誘導(dǎo)解離。不用激發(fā)即可解離則稱為亞穩(wěn)態(tài)分解。

MS/MS在混合物分析中有很多優(yōu)勢。在質(zhì)譜與氣相色譜或液相色譜聯(lián)用時，即使色譜未能將物質(zhì)完全分離，也可以進(jìn)行鑒定。MS/MS可從樣品中選擇母離子進(jìn)行分析，而不受其他物質(zhì)干擾。

MS/MS在藥物領(lǐng)域有很多應(yīng)用。子離子掃描可獲得藥物主要成分，雜質(zhì)和其他物質(zhì)的母離子的定性信息，有助于未知物的鑒別，也可用于肽和蛋白質(zhì)氨基酸序列的鑒別。

在藥物代謝動力學(xué)研究中，對生物復(fù)雜基質(zhì)中低濃度樣品進(jìn)行定量分析，可用多反應(yīng)監(jiān)測模式（multiple reaction monitoring，MRM）消除干擾。如分析藥物中某特定離子，而來自基質(zhì)中其他化合物的信號可能會掩蓋檢測信號，用MS1/MS2對特定離子的碎片進(jìn)行選擇監(jiān)測可以消除干擾。MRM也可同時定量分析多個化合物。在藥物代謝研究中，為發(fā)現(xiàn)與代謝前物質(zhì)具有相同結(jié)構(gòu)特征的分子，使用中性碎片丟失掃描能找到所有丟失同種功能團(tuán)的離子，如羧酸丟失中性二氧化碳。如果丟失的碎片是離子形式，則母離子掃描能找到所有丟失這種碎片的離子。

2. 聯(lián)用技術(shù)

色譜可作為質(zhì)譜的樣品導(dǎo)入裝置，并對樣品進(jìn)行初步分離純化，因此色譜/質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)可對復(fù)雜體系進(jìn)行分離分析。因為色譜可得到化合物的保留時間，質(zhì)譜可給出化合物的分子量和結(jié)構(gòu)信息，故對復(fù)雜體系或混合物中化合物的鑒別和測定非常有效。在這些聯(lián)用技術(shù)中，芯片/質(zhì)譜聯(lián)用（Chip/MS）顯示了良好前景，但目前尚不成熟，而氣相色譜／質(zhì)譜聯(lián)用和液相色譜／質(zhì)譜聯(lián)用等已經(jīng)廣泛用于藥物分析。

（1） 氣相色譜/質(zhì)譜聯(lián)用（GC/MS）

氣相色譜的流出物已經(jīng)是氣相狀態(tài)，可直接導(dǎo)入質(zhì)譜。由于氣相色譜與質(zhì)譜的工作壓力相差幾個數(shù)量級，開始聯(lián)用時在它們之間使用了各種氣體分離器以解決工作壓力的差異。隨著毛細(xì)管氣相色譜的應(yīng)用和高速真空泵的使用，現(xiàn)在氣相色譜流出物已可直接導(dǎo)入質(zhì)譜。

（2） 液相色譜／質(zhì)譜聯(lián)用（HPLC/MS）

液相色譜/質(zhì)譜聯(lián)用的接口前已論及，主要用于分析GC/MS不能分析，或熱穩(wěn)定性差，強極性和高分子量的物質(zhì)，如生物樣品（藥物與其代謝產(chǎn)物）和生物大分子（肽、蛋白、核酸和多糖）。

（3） 毛細(xì)管電泳/質(zhì)譜聯(lián)用（CE/MS）和芯片/質(zhì)譜聯(lián)用（Chip/MS）

毛細(xì)管電泳（CE）適用于分離分析極微量樣品（nl體積）和特定用途（如手性對映體分離等）。CE流出物可直接導(dǎo)入質(zhì)譜，或加入輔助流動相以達(dá)到和質(zhì)譜儀相匹配。微流控芯片技術(shù)是近年來發(fā)展迅速，可實現(xiàn)分離、過濾、衍生等多種實驗室技術(shù)于一塊芯片上的微型化技術(shù)，具有高通量、微型化等優(yōu)點，目前也已實現(xiàn)芯片和質(zhì)譜聯(lián)用，但尚未商品化。

（4） 超臨界流體色譜/質(zhì)譜聯(lián)用（SFC/MS）

常用超臨界流體二氧化碳作流動相的SFC適用于小極性和中等極性物質(zhì)的分離分析，通過色譜柱和離子源之間的分離器可實現(xiàn)SFC和MS聯(lián)用。

（5） 等離子體發(fā)射光譜/質(zhì)譜聯(lián)用（ICP/MS）

由ICP作為離子源和MS實現(xiàn)聯(lián)用，主要用于元素分析和元素形態(tài)分析。