對于一個(gè)PCR反應(yīng)，雖然有各種各樣的PCR儀引物設(shè)計(jì)軟件或者經(jīng)驗(yàn)公式計(jì)算最適的退火溫度，可是由于模版中堿基的組合千變?nèi)f化，對于特殊片斷，經(jīng)驗(yàn)公式得到的數(shù)據(jù)不一定能"P"出來結(jié)果，細(xì)微的變化對結(jié)果都可能產(chǎn)生決定性的影響，因而“摸條件”一度是讓人很頭疼的問題。梯度PCR的出現(xiàn)部分解決了一些問題——在反應(yīng)過程中每個(gè)孔的溫度控制條件可以在指定范圍內(nèi)按照梯度變化，根據(jù)結(jié)果，一步就可以摸索出最適合的反應(yīng)條件。

不單退火溫度，連變性溫度和延伸溫度都可以優(yōu)化——對于多種聚合酶混合酶擴(kuò)增如Invitrogen、Clontech、Promega的多數(shù)高保真Taq酶來說這個(gè)非常重要，因?yàn)門aq和校正酶的最佳反應(yīng)溫度可能有顯著差異，優(yōu)化延伸溫度就顯得很重要。多次實(shí)驗(yàn)可在一臺(tái)儀器上完成，既節(jié)省實(shí)驗(yàn)時(shí)間提高效率，又節(jié)省實(shí)驗(yàn)成本。

對于帶梯度功能的PCR儀，需要考慮梯度模式下不同梯度管排間的溫度均勻性和準(zhǔn)確性，還必須考慮儀器在梯度模式和標(biāo)準(zhǔn)模式下是否具有同樣的溫度特性。這種差異可能導(dǎo)致在梯度模式下得出的最佳條件與標(biāo)準(zhǔn)模式下單獨(dú)做的結(jié)果出現(xiàn)差異。SteadySlope技術(shù)是eppendorf擁有的梯度PCR技術(shù)專利，可以同樣的溫度變化速率到達(dá)所有設(shè)定的梯度溫度，所以在梯度模式下具有恒定的溫度性。這一技術(shù)保證了在梯度模式和普通模式之間可以進(jìn)行可靠的信息傳遞，不會(huì)因?yàn)闇囟忍匦圆煌鴮?dǎo)致產(chǎn)量和特異性的變化。

除具標(biāo)準(zhǔn)PCR儀功能外，其梯度模塊還能同時(shí)進(jìn)行多個(gè)不同退火溫度的PCR反應(yīng)，在梯度模塊上，可實(shí)現(xiàn)對梯度溫度和梯度寬度等參數(shù)的調(diào)整，自由編程溫度，梯度實(shí)現(xiàn)不同樣品的退火溫度并同時(shí)進(jìn)行熱循環(huán)。僅一次實(shí)驗(yàn)就能確定特定體系相應(yīng)的最優(yōu)退火溫度。從而可在短時(shí)間內(nèi)對PCR實(shí)驗(yàn)進(jìn)行優(yōu)化，大大提高PCR科研效率。

由于PCR儀獨(dú)特的優(yōu)點(diǎn)，可應(yīng)用多種高科技領(lǐng)域：分子生物學(xué)、醫(yī)學(xué)、食品工業(yè)、司法科學(xué)、生物技術(shù)、環(huán)境科學(xué)、微生物學(xué)、臨床診斷、流行病學(xué)、遺傳學(xué)、基因芯片、基因檢測、基因克隆、基因表達(dá)等領(lǐng)域以聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)為特征的、以檢測DNA/RNA為目的的各種病原體檢測及基因分析。

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